2031年，因維人（Invid）抵達(dá)飽經(jīng)磨難的地球，宣布他們對(duì)史前能量擁有占有權(quán)。這個(gè)強(qiáng)大而善戰(zhàn)的外星種族武裝力量對(duì)地球守備軍發(fā)起了摧枯拉朽般的攻勢(shì)，在消滅了一切抵抗力量后，占領(lǐng)了地球。得到消息的瑞克·卡特命令遠(yuǎn)征軍（Robotech Expeditionary Force）艦隊(duì)回航，于是龐大的船團(tuán)開(kāi)始轉(zhuǎn)向。在主力艦隊(duì)到達(dá)之前，已有數(shù)批先遣隊(duì)搶先對(duì)因維人發(fā)動(dòng)了攻擊，然而等待他們的卻只有恐怖和毀滅，因維軍隊(duì)輕而易舉就使先遣隊(duì)全軍覆沒(méi)。占領(lǐng)地球的因維人幾乎已到達(dá)進(jìn)化的頂點(diǎn)。他們可以根據(jù)環(huán)境的需要，隨意改變自己的形象和身體組成，甚至可以憑借自身的意志，將身體在物質(zhì)態(tài)和能量態(tài)間自由轉(zhuǎn)化。但具有諷刺意味的是，他們對(duì)史前能量的依賴性是最強(qiáng)的，表面上強(qiáng)大的適應(yīng)能力被這致命的弱點(diǎn)牢牢束縛著，而擁有生命之花、作為“宇宙中已知最后一塊史前能量聚集地”的地球，也就自然而然成為了它們的目標(biāo)。此時(shí)的人類(lèi)雖然早已進(jìn)入了星際殖民時(shí)代，但無(wú)論是在外星殖民地，還是遙遠(yuǎn)空間中行進(jìn)的船團(tuán)里，所有的人都把地球當(dāng)做是他們的故鄉(xiāng)。在他們的心目中，地球已經(jīng)成為了一塊圣地，是人類(lèi)文明的象征。一方是為了奪回精神寄托，另一方則誓死要守衛(wèi)最后的生存空間。于是在太陽(yáng)系第三行星上，又一次發(fā)生了兩個(gè)文明之間的激烈碰撞。遠(yuǎn)征軍先遣隊(duì)的幸存者之一斯科特·博納德在軍隊(duì)全滅的絕望中遇到了其他5名地球上的自由抵抗者。危難中他們團(tuán)結(jié)一心，組成了活躍在敵人后方的游擊隊(duì)，在遠(yuǎn)征軍對(duì)敵作戰(zhàn)的同時(shí)與外星武裝進(jìn)行長(zhǎng)年周旋。漫長(zhǎng)的戰(zhàn)斗歲月里，游擊小隊(duì)先后遇到了兩位以人類(lèi)形式出現(xiàn)的因維族女性。斯科特與愛(ài)麗爾、蘭瑟與希拉的愛(ài)情使因維女王瑞吉斯深感人類(lèi)情感與文明對(duì)她族人的威脅，而日益枯竭的史前能量以及陸續(xù)回航的遠(yuǎn)征軍，都使她感到地球不再是適宜種族進(jìn)化的久留之地。第三次宇宙大戰(zhàn)的結(jié)局，再次以人類(lèi)的勝利而告終，因維人在瑞吉斯的帶領(lǐng)下，向茫茫宇宙的深處飛去，少數(shù)人則留下來(lái)，積極地融入了人類(lèi)社會(huì)中。人類(lèi)與外星人成功的結(jié)合再次證實(shí)了貫穿系列的主題：“愛(ài)能戰(zhàn)勝一切”。千千萬(wàn)萬(wàn)的幸存者從廢墟中站起來(lái)，重新建造新的家園。太空堡壘時(shí)代的歷史到此告一段落。也許在今后的日子里，人類(lèi)還將面臨更大的挑戰(zhàn)，也許終有一天，人類(lèi)文明也會(huì)步向終結(jié)，但只要還有美麗的歌聲，只要還有愛(ài)，這個(gè)宇宙就永遠(yuǎn)不會(huì)寂寞。在移民船團(tuán)回航的途中，暗影堡壘III號(hào)(Shadow Dimensional Fortress Three)失蹤了，沒(méi)人知道它去向了茫茫宇宙的哪一個(gè)角落……