在德川幕府時代，日本幕府統(tǒng)治開始走向沒落，對農(nóng)民的壓迫也空前慘烈，其時又有西方宗教傳入日本，忍無可忍之下，暴發(fā)了農(nóng)民起義，許多天主教農(nóng)民揭竿而起反對幕府的統(tǒng)治，史稱“島原之亂”，轟動了整個日本，大大地沖擊了當(dāng)時的當(dāng)權(quán)者。
　　當(dāng)時的起義在1638年暴發(fā)，以妖異少年天草四郎為首的天主教徒，聚集農(nóng)民和天主教徒三萬七千余人發(fā)動了起義，攻擊德川幕府的各地政權(quán)。起義軍開始時勢如破竹，連連擊敗幕府軍隊，攻下了幾座城池，而且影響越來越大，參加進(jìn)來的農(nóng)民逐漸增多。德川幕府緊急調(diào)動各地諸侯的兵力十二萬鎮(zhèn)壓起義農(nóng)民，起義軍和幕府諸侯軍隊血戰(zhàn)3個多月后終因寡不敵眾而失敗，起義軍領(lǐng)袖、年青的天主教徒天草四郎也被幕府軍隊抓獲，被判斬首示眾，他死前卻大聲疾呼：我將像天主基督一樣復(fù)活！
　　這個事件過去不久，天草四郎卻真的復(fù)活了！負(fù)責(zé)保護(hù)幕府政權(quán)的是武林世家柳生家族，他們堅守自己的職責(zé)和天草四郎展開了或大或小的戰(zhàn)斗。其中，武林家族柳生派的第一高手是柳生十兵衛(wèi)，他的家族武術(shù)淵源甚深，對劍術(shù)尤其精湛，而天草四郎則不斷鍛煉妖異魔法，也具備常人無法企及的法力，他們兩人都感受到了對方的威脅，正邪激戰(zhàn)一觸即發(fā)……
　　故事中天草四郎以妖術(shù)打開地獄之門，召喚宮本武藏、荒木又右衛(wèi)門、寶藏院胤舜等歷代豪杰的鬼魂從魔界復(fù)活，企圖毀滅德川政權(quán)，與知名劍豪柳生十兵衛(wèi)，展開一場鬼哭神號的正邪對決。